Zu den wesentlichen Aufgaben der Wasserbehörde zählt die Gewässeraufsicht. Diese umfasst unter anderem die Überwachung von Abwassereinleitungen sowie von Anlagen zum Umgang mit wassergefährdenden Stoffen, wozu insbesondere auch Heizöllageranlagen gehören. Bei Verunreinigungen des Bodens oder eines Gewässers durch wassergefährdende Stoffe trifft die Wasserbehörde Sanierungsanweisungen, bei akuten Unfällen legt diese Sofortmaßnahmen zur Schadensbehebung fest. Außerdem ist die Wasserbehörde Fach- und Genehmigungsbehörde für Gewässerbenutzungen sowie den Ausbau oder die wesentliche Umgestaltung eines Gewässers.